Центральной фигурой флага является куница натурального коричнево-бурого цвета в позе свободного бега. Приподнятая голова с вытянутой и красиво изогнутой шеей придают кунице уверенность и спокойствие. Вся её фигура, горделивая поза, мех с позолотой олицетворяют богатство, гордость и достоинство.
Уфимская крепость, основанная в 1574 году, была призвана защищать башкирские земли от набегов соседних ханств и одновременно служила центральным пунктом сбора подати. Мех куницы и соболя издавна ценился на Руси, и на основе договора с русским царём, башкиры условились платить ясак мехом куницы.
Серебряный (белый) цвет — символ веры, чистосердечности и благородства.
Зелёный цвет символизирует изобилие, радость, свободу, покой и мир.